二五（1958-1962）
1、 1958年6月29日，正式成立中国第一架无人驾驶飞机（北京五号）指挥部，该机于1959年2月试飞成功；
2、 1958年10月，在航空无线电设备专业基础上建立航空无线电系，飞机设备系更名为航空自动控制系，206教研室并入6系（火箭系）改为605教研室（火箭控制教研室）；
3、 1958年12月，增设解算装置教研室；
4、 1960年2月，增设自动驾驶仪专业、调节原理教研室和光学导引教研室，605教研室并入航空自动控制系，从而在系内增设有翼导弹教研室，弹道式导弹教研室，液压、气压装置教研室；
5、 1960年8月，将航空精密仪表工艺（飞机设备工艺）教研室划归为航空工艺系；
6、 1961年9月，将航空自动控制系划分为航空自动控制系和飞行器自动控制系；航空自动控制系下设航空陀螺仪表、航空电气设备和航空自动器3个专业；飞行器自动控制系下设解算装置（501）、控制理论（502）、有翼式火箭稳定系统与装置（503）和弹道式火箭控制稳定系统与装置（504）、液压、气压传动装置（505）五个教研室，控制与仿真研究室（8研）；
7、 1962年2月，撤销航空自动控制系的仪表与传感器（仪表与自动器）、调节原理（自动控制理论）和光学导引3个教研室；
三五（1966-1970）
1、 1970年10月，航空自动控制系与飞行器自动控制系合并组成自动控制大队（三大队），下属的教研室等单位调整后改为4个中队，对应的专业分别为：陀螺仪表与传感器、自动驾驶仪、液压与气压附件和航空电气。并解散装置教研室作为中队划归无线电大队（一大队）；
2、 1970年12月，开始招收工农兵大学生，学制三年；
白驹过隙，时光氤氲。建院之初，北航自动化学院的第一个五年是懵懂跌宕，但却成就非凡的五年。刹那弹指，在专业探索的道路上北航自动化学院迎来了她的下一个五年，而这五年注定是不平凡的岁月。
1958年6月29日，中国第一架无人驾驶飞机北京五号的指挥部正式成立在当年的航空自动控制系。在北航自动化人不懈努力和顽强意志的共同作用下，该机于1959年2月试飞成功。1958年10月，在航空无线电设备专业基础上建立航空无线电系，飞机设备系更名为航空自动控制系，206教研室并入6系（火箭系）改为605教研室（火箭控制教研室）；同年12月，增设解算装置教研室。1960年2月，随着学院的进一步发展成熟，系内增设自动驾驶仪专业、调节原理教研室和光学导引教研室，605教研室并入航空自动控制系，从而在系内增设有翼导弹教研室，弹道式导弹教研室，液压、气压装置教研室；同年8月，航空精密仪表工艺（飞机设备工艺）教研室划归为航空工艺系。1961年9月，航空自动控制系划分为航空自动控制系和飞行器自动控制系，其中航空自动控制系下设航空陀螺仪表、航空电气设备和航空自动器3个专业，飞行器自动控制系下设解算装置（501）、控制理论（502）、有翼式火箭稳定系统与装置（503）和弹道式火箭控制稳定系统与装置（504）、液压、气压传动装置（505）五个教研室，控制与仿真研究室（8研）。1962年2月，撤销航空自动控制系的仪表与传感器（仪表与自动器）、调节原理（自动控制理论）和光学导引3个教研室。
从院系内部专业和教研室的频繁变动不难看出，这第二个五年是北航自动化学院经历阵痛，向着更加成熟稳定的未来迈进的五年。虽然这五年之内，自动化学院体验的是难以想象的分分合合，但正是这种改革转型成就了今天的北航自动化科学与电气工程学院。在无限的未知可能中我们的前辈又在昂首阔步走向下一个五年。
在文革浪潮的席卷中，1970年10月，航空自动控制系与飞行器自动控制系合并组成自动控制大队（三大队），下属的教研室等单位调整后改为4个中队，对应的专业分别为：陀螺仪表与传感器、自动驾驶仪、液压与气压附件和航空电气。同时，解散装置教研室作为中队划归无线电大队（一大队）。1970年12月，开始招收工农兵大学生，学制三年。
院史匆匆翻过，转眼又是十年。尽管这十年是风雨兼程的十年，是动荡涅槃的十年，也许前路漫漫还会有意料之外的艰难险阻，但谁又可以预言不会有可遇而不可求的天赐良机。更多的五年仍在那里等待，等待着繁花似锦、载誉而归的那些时刻。
——《自动化学院通讯》
